На базе часткі караблёў і часцей расфарміраванай Дняпроўскай ваеннай фалатыліі 17 чэрвеня 1940 г. была створана Пінская рачная ваенная флатылія. Яе галоўнай базай стаў г. Пінск (цяпер Брэсцкай вобласці), а тылавой — Кіеў. У Пінску можна было выкарыстаць суднарамонтныя майстэрні, пабудовы польскай ваеннай флатыліі, Дняпроўска-Бугскі канал, які звязваў рэкі Дняпро, Прыпяць і Віслу, гарады Пінск і Брэст. У склад флатыліі ўваходзілі 27 караблёў, авіяэскадрылля, зенітны артылерыйскі дывізіён, рота марской пяхоты. Камандуючы — капітан 1-га рангу (з сакавіка 1941 г. контр-адмірал) Дзмітрый Дзмітрыевіч Рагачоў (1895–1963).